События Batman: Arkham City разворачиваются через полтора года после Arkham Asylum. Бывший управляющий психиатрической больницей Аркхем Куинси Шарп становится мэром Готэма и создаёт тюрьму «Аркхем-сити». Её заключённых никто не контролирует, но им запрещено покидать её пределы.
В игре появляются Джокер, Двуликий, Женщина-кошка, Ра’с аль Гул, Джеймс Гордон и другие знакомые персонажи. Каждый злодей бросает Бэтмену вызов и продвигает сюжет. Исследуйте открытый мир Готэма: с самого начала доступны гаджеты из Arkham Asylum, многие из которых получили улучшения, а некоторые появились впервые. В режиме детектива можно видеть скелеты врагов, проводить расследования и, например, прослеживать траекторию снайперской пули. За преступниками также можно следить через городскую базу данных. В определённый момент истории вы сможете сыграть за Женщину-кошку и воспользоваться её аналогом режима детектива — режимом воровки. Атмосферное визуальное оформление и музыка подчёркивают мрачный, тревожный дух истории.
